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DNAシーケンシング 2023-2033年:技術、市場、予測


DNA Sequencing 2023-2033: Technologies, Markets, and Forecasts

本レポートでは、DNAシーケンサ業界を取り上げ、関連する主要技術や市場について論じています。サンガー、次世代(NGS)、ナノポアシーケンスを取り上げ、主要なアプリケーションで必要とされる主要な... もっと見る

 

 

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IDTechEx
アイディーテックエックス
2022年8月31日 US$6,500
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227 英語

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サマリー

本レポートでは、DNAシーケンサ業界を取り上げ、関連する主要技術や市場について論じています。サンガー、次世代(NGS)、ナノポアシーケンスを取り上げ、主要なアプリケーションで必要とされる主要な指標について相互のベンチマークを行っています。集団ゲノム解析やコンパニオン診断から法医学に至るまで、DNAシーケンスのアプリケーションを詳細に分析し、それぞれの要件を特定しています。市場参入の障壁や関連する課題についても分析されています。
 
DNAシーケンシングは、その開始以来、生物学の理解に大きな進歩をもたらしてきました。DNA配列は、細胞が発生し活動するための生物学的情報をコード化しており、DNA配列を理解することは、遺伝子やゲノムの他の部分の機能を理解する上で重要な鍵となります。この技術が提供できる情報の幅は、医療や創薬など多くの分野で革命を起こす可能性を秘めています。COVID-19の大流行により、DNAシーケンシングの重要性はさらに強調され、アウトブレイクを効果的に追跡・監視するためのインフラの必要性が浮き彫りになりました。
 
DNAシーケンシング技術は、長年にわたって飛躍的に進歩してきました。2004年の次世代シーケンサー(NGS)の登場により、シーケンサーのコストは急速に低下し、ムーアの法則をはるかに上回るコスト低減が実現されました。特筆すべき例として、市場をリードするイルミナは、2007年に推定100万米ドルだったヒト全ゲノム配列のコストを、2014年には1千米ドルまで引き下げることに成功しました。この大幅なコスト削減により、シーケンサー市場は急拡大し、関連する学術論文の数は2004年から2014年の間に15倍以上に増加しました。
 
しかし、その後、こうした動きは鈍化しています。シーケンサーにおけるコスト低下はその後尾を引き、技術開発も鈍化しています。これは、既存技術の改良が困難であることも一因であろうが、進歩の遅れの顕著な理由は、業界における競争の欠如であった。
 
それでも、大きな変化が近づいているのかもしれません。最近、第3世代シーケンサーが市場に参入し、超ロングリードとリアルタイムシーケンスが期待され、市場を活性化させ、競争を激化させる役割を担っています。これらの装置がもたらす高い洞察力と、全ゲノム配列決定のさらなるコスト削減は、個別化医療の新時代をもたらし、DNA配列決定の次の革命をもたらすべく、配列決定市場を大きく拡大させる可能性があります。NGS市場自体にも、最近いくつかの重要な進展が見られました。複数の新興企業が登場し、それぞれがシーケンシングのさらなるコストダウンと精度向上を目指しています。また、大手企業のいくつかの重要な特許が間もなく切れることで、中国に本拠を置くゲノム大手BGIが米国のシーケンス市場に参入し、競争がさらに激化することが予想されます。
 
本レポートでは、IDTechExがDNAシーケンシングに関わる技術について解説しています。シーケンシング業界の主要企業が採用するシーケンシング手法について、以下のような詳細な分析を行っています。
  • サンガーシーケンス
  • リバーシブルターミネーターシーケンス
  • パイロシーケンス
  • プロトン検出シーケンシング
  • シーケンシング・バイ・ライゲーション
  • 1分子リアルタイム(SMRT)シーケンシング
  • ナノポアシーケンス
 
これらのテクノロジーは、技術的な状況を包括的に理解するために、互いにベンチマークされています。また、シーケンシングプラットフォームの比較は、様々なプレイヤーのビジネス戦略や、現在の装置に対するいくつかのアンメットニーズを特定するために使用されます。
 
上記で取り上げたシーケンシング技術のうち、特に注目されるのは第3世代のナノポアシーケンシング法である。ナノポアシーケンスは、他のシーケンサーを遥かに凌駕するリード長を実現することができる。しかし、ナノポアシーケンスの最も説得力のある論拠の1つは、現在のシーケンシングに必要な試薬の多くが不要になることであり、これによりDNAシーケンシングのコストが大幅に低下する可能性があることであろう。このため、本レポートでは、ナノポアシーケンスのさまざまなコンポーネントの技術について深く掘り下げている。本レポートでは、この問題を軽減するための現在の研究の方向性を分析するとともに、ナノポアシーケンサーのさらなる欠点についても取り上げています。
 
さらに、DNAシーケンサのさまざまな用途とビジネスモデルについて説明し、それぞれの用途におけるシーケンサの現状と可能性を明らかにしています。様々なアプリケーションにおけるシーケンサーに対する要件を検討し、議論することで、読者が特定のシーケンサープラットフォームに適した市場をより良く特定できるようにします。本レポートでは、業界全体にわたってさまざまなプレイヤーが採用しているビジネスモデルの分析とともに、現在のプレイヤーおよび将来のプレイヤーが直面する参入障壁と課題についての洞察を提供しています。最後に、DNAシーケンシング市場の将来予測として、2033年までの市場セグメント別およびシーケンシングデバイスの世代別の収益予測を取り上げています。

 



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目次

1. エグゼクティブサマリー
1.1. 役員紹介
1.2. シーケンサの使用例
1.3. シーケンサーの主な産業ドライバー
1.4. シーケンサのロードマップ
1.5. シーケンシング手法の比較
1.6. シーケンサーの技術的なドライバー
1.7. DNAシーケンサーの挑戦
1.8. DNAシーケンシング装置市場
1.9. DNA機器市場への参入障壁
1.10. シーケンサーの差別化要因になる可能性
1.11. NGS:注目すべき技術動向と開発
1.12. ナノポアシーケンサーに期待される改善点
1.13. NGSと第3世代シーケンサーの開発動向
1.14. DNAシーケンサーのビジネスモデル別主要プレイヤー
1.15. アプリケーションに応じたシーケンスプラットフォームの要件
1.16. DNAシークエンスサービス
1.17. セグメント別・プレイヤー別市場構成
1.18. 世界のDNAシーケンサーの市場セグメント別売上高(2014年~2033年)
1.19. DNAシーケンサーの市場セグメント別予測売上高(2022-2033年)
1.20. シーケンサの世代別世界収益(2014年~2033年)
1.21. シーケンサの世代別売上高予測
2. イントロダクション
2.1. DNAとは?
2.2. DNAシークエンス
2.3. DNAシークエンスタイムライン
2.4. シーケンサ市場の歴史
2.5. ヒトゲノム・プロジェクト
2.6. Costs ofDNAシークエンス have fallen dramatically
2.7. シーケンサの使用例
2.8. シーケンサーの主な産業ドライバー
2.9. シーケンサーの技術的なドライバー
2.10. DNAシーケンサーの挑戦
3. DNAシーケンシングの技術
3.1.1. シーケンサのロードマップ
3.2. 第一世代シークエンス
3.2.1. 第一世代シーケンサーサンガーシークエンス
3.2.2. サンガー・シーケンスのキープレイヤー
3.2.3. SCIEX/ダナハー
3.2.4. サーモフィッシャーサイエンティフィック
3.2.5. サンガーシーケンサー今後の展望
3.3. 次世代シーケンサー(NGS)
3.3.1. 次世代シーケンサー(NGS)の紹介
3.4. シーケンシング・バイ・シンセシス(Sequencing-by-Synthesis
3.4.1. NGSのアプローチシーケンシング・バイ・シンセシス(Sequencing-by-Synthesis
3.4.2. イルミネーション
3.4.3. イルミネーションワークフロー
3.4.4. クラスター生成
3.4.5. リバーシブル・ターミネーター・シーケンス
3.4.6. イルミネーション:シーケンシングプラットフォーム
3.4.7. パイロシークエンス:プロセス
3.4.8. キアゲン
3.4.9. ロシュの取り組みDNAシークエンス
3.4.10. プロトン検出シーケンサー:プロセス
3.4.11. サーモフィッシャーIon Torrent
3.4.12. Ion Torrentチップに搭載されたISFETセンサー
3.4.13. エレメント・バイオサイエンス
3.4.14. エレメント・バイオサイエンス:技術紹介
3.4.15. アルティマ・ゲノミクス
3.4.16. アルティマ・ゲノミクス:技術紹介
3.4.17. アルティマ・ゲノミクス:化学
3.4.18. GenapSys:シーケンサーのスタートアップ企業の注意点
3.5. シーケンシング・バイ・ライゲーション
3.5.1. NGSのアプローチシーケンシング・バイ・ライゲーション
3.5.2. Applied Biosystems/Thermo Fisher:SOLiD (I)
3.5.3. Applied Biosystems/Thermo Fisher:SOLiD (II)
3.5.4. ナノボールシーケンス
3.5.5. BGIゲノミクスDNBSEQ
3.6. 第3世代シーケンサー
3.6.1. 第3世代シーケンサー
3.6.2. 1分子リアルタイムシーケンサー:導入
3.6.3. パシフィックバイオサイエンス(PacBio)
3.6.4. PacBioワークフロー
3.6.5. パックバイオSWOT分析
3.6.6. ナノポアシーケンス:概要
3.6.7. ナノポアシーケンサーの構造
3.6.8. なぜナノポアシーケンスが重要なのか?
3.6.9. ナノポアシーケンス:動作原理
3.6.10. アダプティブサンプリング
3.6.11. ナノポアシーケンスの特許・研究動向
3.7. バイオロジカルナノポア
3.7.1. バイオロジカルナノポア構成
3.7.2. タンパク質の特性比較
3.7.3. バイオロジカルナノポア:製造方法
3.7.4. オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ概要
3.7.5. オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ特許
3.7.6. オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズビジネスモデル
3.7.7. オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ製品紹介
3.7.8. ロシュ
3.7.9. Genia Technologies:技術紹介 and patents
3.7.10. Stratos Genomics:技術紹介 and patents
3.7.11. 契丹科技
3.7.12. バイオロジカルナノポア: 長所と短所
3.8. 固体ナノポア
3.8.1. 固体ナノポア: 概要
3.8.2. グラフェンナノポア
3.8.3. 製造方法:ナノポアの作製
3.8.4. 製造方法:膜の薄層化
3.8.5. 製造技術の比較
3.8.6. 誘電体破壊を制御することで、集束ビームエッチングと比較していくつかの利点があります。
3.8.7. 日立
3.8.8. 日立特許
3.8.9. 固体ナノポアを止めるとは?
3.8.10. IBMDNAトランジスター
3.9. ナノポアシーケンサの代替構造
3.9.1. ナノポアシーケンスに代わるアプローチへの動機付け
3.9.2. プラズモニックナノポア (I)
3.9.3. プラズモニック・ナノポア (II)
3.9.4. Base4 Innovation
3.9.5. ハイブリッドナノポア: 概要
3.9.6. 電子トンネルによる配列決定/SBET(I)
3.9.7. 電子トンネルによる配列決定/SBET (II)
3.9.8. ナブシス:ナノチャネルを用いたゲノムマッピング
3.9.9. ナブシス:技術紹介
3.9.10. 電界効果トランジスタ(FET)ベースのナノ細孔
3.9.11. iNanoBio
3.9.12. 代替ナノポア構造の研究動向
3.9.13. 技術的なレディネス・レベル
3.9.14. 従来のナノポアの枠を超える必要があるのか?
3.9.15. 精度・再現性
3.9.16. ナノポアの代替構造で再現性の問題を解決できるか?
3.10. ナノポアシーケンスにおける計算機によるデータ解析
3.10.1. ナノポアシーケンスにおける機械学習の重要性
3.10.2. Basecallers:ネットワークとコンポーネント
3.10.3. Basecallersの現状と今後について
3.10.4. ベースカラーズトレーニング
3.10.5. ベースキャリアのアルゴリズムセグメンテーション
3.10.6. 隠れマルコフモデルはじめに
3.10.7. リカレントニューラルネットワーク(RNN)。はじめに
3.10.8. オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズグッピー
3.10.9. 畳み込みニューラルネットワーク(CNN):はじめに
3.10.10. ベースコールズタイムライン
3.10.11. なぜ、オープンソースのベースキャラーが多いのか?
3.10.12. ベースコールズ: ベンチマーク※1
3.10.13. ナノコール
3.10.14. ベースクラウラー
3.10.15. ケイロン
3.10.16. オープンソースのメリット
3.10.17. ポストシークエンス補正
3.10.18. ナノポリッシュ
3.10.19. 速度と精度の妥協点
3.10.20. ヘルスケアにおけるAIに関するその他のIDTechExレポート
3.11. テクノロジーディスカッション
3.11.1. シーケンサの比較(I)
3.11.2. シーケンサの比較(II)
3.11.3. シーケンシング手法の比較
3.11.4. コストと精度の重要性
3.11.5. NGSと第3世代シーケンサーの開発動向
3.11.6. CAPEXとスループットの分析による事業戦略の明確化
3.11.7. 各シーケンスプラットフォームの研究への活用
3.11.8. デバイス世代別の売上高と市場シェアの推移
3.11.9. 第3世代シーケンサー:比較
3.11.10. ナノポアシーケンサーに期待される改善点
3.11.11. シーケンサの市場シェア
3.11.12. イルミネーション: 特許失効と訴訟
3.11.13. 市場の大きな揺らぎが近づいているのか?
4. DNAシークエンス市場
4.1. ビジネスモデル
4.1.1. DNAシーケンサーのビジネスモデル別主要プレイヤー
4.1.2. シーケンサー市場の大部分は消耗品で構成されている
4.1.3. シーケンサをサポートするハードウエア
4.1.4. DNAバーコーディング:入門編
4.1.5. 10x ゲノミクス
4.1.6. DNAシークエンスサービス
4.1.7. シーケンス・アズ・ア・サービス(SaaS)
4.1.8. マクロジェン
4.1.9. ノボゲン
4.1.10. AGTCゲノミクス
4.1.11. SaaSプロバイダー向け認定プログラム
4.1.12. ジェノタイピング
4.1.13. DTC(ダイレクト・トゥ・コンシューマー)テスト
4.1.14. 23andMe
4.2. DNAシークエンスアプリケーション
4.2.1. 研究における塩基配列
4.2.2. 医療導入までの道のり
4.2.3. DNAシークエンス分子診断学(MDx)において
4.2.4. Current and potential impact ofDNAシークエンス across the diagnostics market
4.2.5. がん研究・腫瘍学
4.2.6. がん治療におけるコンパニオン診断薬(CDx)
4.2.7. FDAが承認したシークエンスベースのCDx検査の一覧です。
4.2.8. GRAIL:早期がん発見によるDNAシークエンス
4.2.9. オンコロジーにおけるシーケンシングの重要な考慮点
4.2.10. ファーマコゲノミクス
4.2.11. 非侵襲的出生前検査(NIPT)
4.2.12. NIPT:使用方法と規制
4.2.13. 診断薬に関する米国の規制。CLIAのカテゴリー分け
4.2.14. DNAシークエンス感染症診断用
4.2.15. 疾患診断の要件
4.2.16. ポピュレーションゲノミクスによるパブリックヘルス
4.2.17. ポピュレーションゲノミクスプロジェクト
4.2.18. 疾病の発生状況調査
4.2.19. 関連するIDTechExレポート
4.2.20. DNAシークエンス食品衛生上
4.2.21. 創薬
4.2.22. DNAシークエンス細胞・遺伝子治療における
4.2.23. フォレンジック
4.2.24. ヴェロゲン
4.2.25. 作物バイオテクノロジー
4.2.26. 農業における遺伝子組み換え
4.2.27. 合成生物学の領域は広大である
4.2.28. 関連するIDTechExレポート
4.2.29. DNAデジタルデータストレージ:導入
4.2.30. ジェンスクリプトバイオテック株式会社
4.2.31. DNAデジタルデータストレージ:チャンスと課題
4.3. DNAシークエンス市場ディスカッション
4.3.1. DNA機器市場への参入障壁
4.3.2. シーケンサーの差別化要因になる可能性
4.3.3. アプリケーションに応じたシーケンスプラットフォームの要件
4.3.4. イルミネーションケーススタディ
4.3.5. Implications ofイルミネーション's first mover advantage
4.3.6. イルミネーションアプリケーション各プラットフォーム用
4.3.7. イルミネーション: シーケンス市場での取り組み。
4.3.8. セグメント別・プレイヤー別市場構成
4.3.9. Sequence-as-a-Service の可能性
5. フォーキャスト
5.1. 予測方法
5.2. 世界のDNAシーケンサーの市場セグメント別売上高(2014年~2033年)
5.3. HistoricDNAシークエンス revenue by market segment (2014-2021)
5.4. DNAシーケンサーの市場セグメント別予測売上高(2022-2033年)
5.5. シーケンサの世代別世界収益(2014年~2033年)
5.6. シーケンサの世代別売上高予測
5.7. IDTechExへのお問い合わせ

 

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Summary

この調査レポートでは、DNAシーケンサ業界を取り上げ、関連する主要技術や市場について詳細に調査・分析しています。
 
主な掲載内容(目次より抜粋)
  • DNAシーケンシングの技術
  • DNAシーケンシング 市場
  • 予測
 
Report Summary
This report covers the DNA sequencing industry, discussing the key technologies and markets involved. The report covers Sanger, Next-Generation (NGS), and nanopore sequencing, benchmarking these against each other on key metrics required by leading applications. The report includes in-depth analyses of DNA sequencing applications ranging from population genomics and companion diagnostics to forensics, identifying the requirements for each. Barriers of entry to the market and relevant challenges are analysed.
 
Since its inception, DNA sequencing has brought about major advancements in our understanding of biology. The DNA sequence encodes the biological information used by cells to develop and operate, and understanding the sequence of DNA is key to understanding the function of genes and other parts of the genome. The breadth of information this technology can offer has the potential to revolutionize healthcare, drug discovery, and many other fields. The importance of DNA sequencing has been further emphasized by the COVID-19 pandemic, which highlighted the need for infrastructure to effectively track and monitor outbreaks - a task well suited to DNA sequencing.
 
DNA sequencing technology has progressed in leaps and bounds over the years. The advent of next-generation sequencing (NGS) in 2004 lead to a rapid decrease in the costs of sequencing, with this reduction of cost far outpacing Moore's law. As a noteworthy example, market leader Illumina managed to lower the cost of a human whole genome sequence from an estimated US$1M in 2007, to US$1k in 2014. This drastic reduction of cost has led to a meteoric expansion of the sequencing market, with the number of related academic publications rising by more than 15 times between 2004 to 2014.
 
However, these developments have since slowed. The declining costs in sequencing have since tailed off, and technological developments have slowed. While this may be in part due to the difficulty of improving existing technology, a prominent reason for the slow progress has been a lack of competition in the industry.
 
Despite this, major changes may be approaching. The recent entry of third-generation sequencing technology into the market has served to reinvigorate the market and intensify competition, with their promise of ultra-long reads and real-time sequencing. The greater insight these devices can bring, along with their promise of further lowering costs of whole-genome sequencing, could lead to a new age of personalized medicine and greatly expand the sequencing market, bringing in the next revolution of DNA sequencing. Several significant recent developments have also been observed in the NGS market itself. Multiple start-ups have emerged, each with the aim of further lowering the costs of and improving the accuracy of sequencing. The imminent expiry of several key patents of a major player will also allow China-based genomics giant BGI to enter the US sequencing market, further escalating competition.
 
In this report, IDTechEx discusses the technologies involved in DNA sequencing. The report provides in-depth analyses of the sequencing methods employed by key players in the sequencing industry, including:
  • Sanger sequencing
  • Reversible terminator sequencing
  • Pyrosequencing
  • Proton detection sequencing
  • Sequencing-by-ligation
  • Single-molecule real-time (SMRT) sequencing
  • Nanopore sequencing
 
These technologies are benchmarked against each other to provide a comprehensive understanding of the technological landscape. Comparisons of sequencing platforms are also used to identify business strategies of various players, along with several unmet needs for current instruments.
 
Of the sequencing technologies discussed above, the third generation nanopore sequencing method is of particular interest. Nanopore sequencing can provide unprecedented read lengths, far exceeding that of any other sequencing method. However, what may be one of the most compelling arguments for nanopore sequencing is the that they may remove the need for many of the reagents needed for sequencing today; this could help significantly lower the cost of DNA sequencing. As such, this report explores the technology for the different components of nanopore sequencing in depth. A prominent drawback for nanopore sequencers today is their comparative lack of accuracy; this report analyzes current research directions for mitigation of this problem, along with addressing several further drawbacks of nanopore sequencing.
 

The report goes on to describe the various applications and business models for DNA sequencing, identifying the current and potential usage of sequencing in each. The requirements for sequencing instruments across a variety of applications are considered and discussed to help readers better identify suitable markets for a given sequencing platform. The report provides insight into the barriers of entry and challenges faced for current and prospective players, along with an analysis of the business models employed by various players across the entire industry. The report concludes by forecasting the future of the DNA sequencing market, covering the revenue forecast by market segment and by sequencing device generation up to 2033.



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Table of Contents

1. EXECUTIVE SUMMARY
1.1. Executive introduction
1.2. Use cases of sequencing
1.3. Key industry drivers for sequencing
1.4. Sequencing instrument roadmap
1.5. Comparing sequencing methods
1.6. Technological drivers for sequencing
1.7. Challenges of DNA sequencing
1.8. DNA sequencing instrument market
1.9. Barriers of entry to the DNA instrument market
1.10. Potential differentiating factors for sequencing
1.11. NGS: notable technology trends and developments
1.12. Potential improvements to nanopore sequencers
1.13. Developmental trends for NGS and third-generation sequencing
1.14. Key players in DNA sequencing by business model
1.15. Requirements of sequencing platforms in different applications
1.16. DNA sequencing services
1.17. Market breakdown by segment and players
1.18. Global DNA sequencing revenue by market segment (2014-2033)
1.19. DNA sequencing forecast revenue by market segment (2022-2033)
1.20. Global revenue by sequencing device generation (2014-2033)
1.21. Forecast revenue by sequencing device generation
2. INTRODUCTION
2.1. What is DNA?
2.2. DNA sequencing
2.3. DNA sequencing: timeline
2.4. The history of the sequencing market
2.5. The Human Genome Project
2.6. Costs of DNA sequencing have fallen dramatically
2.7. Use cases of sequencing
2.8. Key industry drivers for sequencing
2.9. Technological drivers for sequencing
2.10. Challenges of DNA sequencing
3. TECHNOLOGIES IN DNA SEQUENCING
3.1.1. Sequencing instrument roadmap
3.2. First generation sequencing
3.2.1. First-generation sequencing: Sanger sequencing
3.2.2. Key players in Sanger sequencing
3.2.3. SCIEX/Danaher
3.2.4. Thermo Fisher Scientific
3.2.5. Sanger sequencing: Outlook
3.3. Next-Generation Sequencing (NGS)
3.3.1. Next-generation sequencing (NGS): introduction
3.4. Sequencing-by-synthesis
3.4.1. NGS approaches: Sequencing-by-synthesis
3.4.2. Illumina
3.4.3. Illumina: workflow
3.4.4. Cluster generation
3.4.5. Reversible terminator sequencing
3.4.6. Illumina: Sequencing platforms
3.4.7. Pyrosequencing: process
3.4.8. Qiagen
3.4.9. Roche: Efforts in DNA sequencing
3.4.10. Proton detection sequencing: process
3.4.11. Thermo Fisher: Ion Torrent
3.4.12. ISFET sensors in Ion Torrent chips
3.4.13. Element Biosciences
3.4.14. Element Biosciences: Technology
3.4.15. Ultima Genomics
3.4.16. Ultima Genomics: Technology
3.4.17. Ultima Genomics: Chemistry
3.4.18. GenapSys: a cautionary tale of sequencing start-ups
3.5. Sequencing-by-ligation
3.5.1. NGS approaches: Sequencing-by-ligation
3.5.2. Applied Biosystems/Thermo Fisher: SOLiD (I)
3.5.3. Applied Biosystems/Thermo Fisher: SOLiD (II)
3.5.4. Nanoball sequencing
3.5.5. BGI Genomics: DNBSEQ
3.6. Third generation sequencing
3.6.1. Third generation sequencing
3.6.2. Single molecule real-time sequencing: introduction
3.6.3. Pacific Biosciences (PacBio)
3.6.4. PacBio: Workflow
3.6.5. PacBio: SWOT analysis
3.6.6. Nanopore sequencing: overview
3.6.7. Structure of a nanopore sequencer
3.6.8. Why is nanopore sequencing important?
3.6.9. Nanopore sequencing: operational principle
3.6.10. Adaptive sampling
3.6.11. Patent and research trends in nanopore sequencing
3.7. Biological nanopores
3.7.1. Biological nanopores: composition
3.7.2. Comparison of protein characteristics
3.7.3. Biological nanopores: Manufacturing methods
3.7.4. Oxford Nanopore Technologies: Overview
3.7.5. Oxford Nanopore Technologies: Patents
3.7.6. Oxford Nanopore Technologies: Business model
3.7.7. Oxford Nanopore Technologies: Products
3.7.8. Roche
3.7.9. Genia Technologies: Technology and patents
3.7.10. Stratos Genomics: Technology and patents
3.7.11. Qitan Technology
3.7.12. Biological nanopores: strengths and weaknesses
3.8. Solid-state nanopores
3.8.1. Solid-state nanopores: overview
3.8.2. Graphene nanopores
3.8.3. Manufacturing methods: nanopore fabrication
3.8.4. Manufacturing method: membrane thinning
3.8.5. Comparison of manufacturing techniques
3.8.6. Controlled dielectric breakdown shows several advantages over focused beam etching
3.8.7. Hitachi
3.8.8. Hitachi: patents
3.8.9. What is stopping solid-state nanopores?
3.8.10. IBM: DNA transistor
3.9. Alternative structures for nanopore sequencers
3.9.1. The motivation for alternative approaches to nanopore sequencing
3.9.2. Plasmonic nanopores (I)
3.9.3. Plasmonic nanopores (II)
3.9.4. Base4 Innovation
3.9.5. Hybrid nanopores: overview
3.9.6. Sequencing by electronic tunnelling/SBET (I)
3.9.7. Sequencing by electronic tunnelling/SBET (II)
3.9.8. Nabsys: genome mapping via nanochannels
3.9.9. Nabsys: Technology
3.9.10. Field effect transistor (FET) - based nanopores
3.9.11. iNanoBio
3.9.12. Research trends in alternative nanopore structures
3.9.13. Technological readiness levels
3.9.14. Is it necessary to go beyond conventional nanopores?
3.9.15. Accuracy and reproducibility
3.9.16. Can alternative nanopore structures solve the reproducibility problem?
3.10. Computational data analysis in nanopore sequencing
3.10.1. The importance of machine learning in nanopore sequencing
3.10.2. Basecallers: networks and components
3.10.3. Basecallers: current and future status
3.10.4. Basecallers: Training
3.10.5. Basecaller algorithms: Segmentation
3.10.6. Hidden Markov Models: Introduction
3.10.7. Recurrent Neural Networks (RNN): Introduction
3.10.8. Oxford Nanopore Technologies: Guppy
3.10.9. Convolutional Neural Networks (CNN): Introduction
3.10.10. Basecallers: timeline
3.10.11. Why are there so many open-source basecallers?
3.10.12. Basecallers: benchmarking*
3.10.13. Nanocall
3.10.14. BasecRAWller
3.10.15. Chiron
3.10.16. The advantages of open-source
3.10.17. Post-sequencing correction
3.10.18. Nanopolish
3.10.19. The compromise between speed and accuracy
3.10.20. Other IDTechEx reports on AI in healthcare
3.11. Technology: Discussions
3.11.1. A comparison of sequencing instruments (I)
3.11.2. A comparison of sequencing instruments (II)
3.11.3. Comparing sequencing methods
3.11.4. The importance of cost and accuracy
3.11.5. Developmental trends for NGS and third-generation sequencing
3.11.6. Identifying business strategies by analysis of CAPEX and throughput
3.11.7. Use of each sequencing platform in research
3.11.8. Historic revenue and market share by device generation
3.11.9. Third-generation sequencing: comparisons
3.11.10. Potential improvements to nanopore sequencers
3.11.11. Market share of sequencing instruments
3.11.12. Illumina: patent expiry and litigation
3.11.13. Is a major market shakeup approaching?
4. DNA SEQUENCING: MARKETS
4.1. Business models
4.1.1. Key players in DNA sequencing by business model
4.1.2. Consumables form the bulk of the sequencing market
4.1.3. Hardware for supporting the sequencing process
4.1.4. DNA barcoding: an introduction
4.1.5. 10x Genomics
4.1.6. DNA sequencing services
4.1.7. Sequencing-as-a-service (SaaS)
4.1.8. Macrogen
4.1.9. Novogene
4.1.10. AGTC Genomics
4.1.11. Certification programs for SaaS providers
4.1.12. Genotyping
4.1.13. Direct-to-consumer (DTC) tests
4.1.14. 23andMe
4.2. DNA sequencing: applications
4.2.1. Sequencing in research
4.2.2. The route to healthcare adoption
4.2.3. DNA sequencing in molecular diagnostics (MDx)
4.2.4. Current and potential impact of DNA sequencing across the diagnostics market
4.2.5. Cancer research and oncology
4.2.6. Companion diagnostics (CDx) in cancer treatment
4.2.7. A list of FDA-approved sequencing-based CDx tests
4.2.8. GRAIL: early cancer detection through DNA sequencing
4.2.9. Important considerations for sequencing in oncology
4.2.10. Pharmacogenomics
4.2.11. Non-invasive prenatal testing (NIPT)
4.2.12. NIPT: Usage and regulations
4.2.13. US regulations for diagnostics: CLIA categorizations
4.2.14. DNA sequencing for infectious disease diagnosis
4.2.15. Requirements for disease diagnosis
4.2.16. Public health through population genomics
4.2.17. Population genomics projects
4.2.18. Disease outbreak surveillance
4.2.19. Related IDTechEx reports
4.2.20. DNA sequencing in food safety
4.2.21. Drug discovery
4.2.22. DNA sequencing in cell and gene therapy
4.2.23. Forensics
4.2.24. Verogen
4.2.25. Crop biotechnology
4.2.26. Genetic engineering in agriculture
4.2.27. The scope of synthetic biology is vast
4.2.28. Related IDTechEx reports
4.2.29. DNA digital data storage: introduction
4.2.30. GenScript Biotech Corporation
4.2.31. DNA digital data storage: opportunities and challenges
4.3. DNA sequencing markets: Discussion
4.3.1. Barriers of entry to the DNA instrument market
4.3.2. Potential differentiating factors for sequencing
4.3.3. Requirements of sequencing platforms in different applications
4.3.4. Illumina: a case study
4.3.5. Implications of Illumina's first mover advantage
4.3.6. Illumina: applications for each platform
4.3.7. Illumina: efforts in the sequencing market.
4.3.8. Market breakdown by segment and players
4.3.9. The potential for sequencing-as-a-service
5. FORECASTS
5.1. Forecast methodology
5.2. Global DNA sequencing revenue by market segment (2014-2033)
5.3. Historic DNA sequencing revenue by market segment (2014-2021)
5.4. DNA sequencing forecast revenue by market segment (2022-2033)
5.5. Global revenue by sequencing device generation (2014-2033)
5.6. Forecast revenue by sequencing device generation
5.7. Contact IDTechEx

 

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